Il differenza fondamentale tra la variazione antigenica e di fase è quella la variazione antigenica è il meccanismo che si riferisce all'espressione di proteine, carboidrati o lipidi antigenicamente distinti sulla loro superficie mentre la variazione di fase è l'attivazione e la disattivazione reversibile ad alta frequenza dell'espressione fenotipica.
Antigenico e variazione di fase sono due tipi di meccanismi molecolari utilizzati dai patogeni per evitare le risposte immunitarie dell'ospite. Sono legati l'uno all'altro. Questi meccanismi consentono ai microbi, in particolare ai batteri, di adattarsi a più di un ambiente. Come risultato della variazione di fase e antigenica, si forma un fenotipo eterogenico di una popolazione batterica clonale. In questa popolazione, le singole cellule esprimono proteine variabili di fase o una delle molteplici forme antigeniche della proteina. Queste variazioni sono principalmente strategie di virulenza eseguite da agenti patogeni.
