La differenza fondamentale tra la digestione nello stomaco e la digestione nell'intestino è il tipo di digestione che ha luogo. Nello stomaco avviene la digestione chimica e meccanica degli alimenti, mentre nell'intestino avviene solo la digestione chimica.
La digestione è il processo mediante il quale gli animali assorbono i nutrienti dopo l'ingestione di cibo. La digestione coinvolge sia processi chimici che meccanici. L'apparato digerente di organismi di livello superiore come gli esseri umani comprendeva vari organi. Ciascuno di questi organi ha un ruolo importante da svolgere nel processo di digestione. La digestione nello stomaco si riferisce alla digestione chimica e meccanica del cibo che avviene nell'addome o nello stomaco. La digestione nell'intestino si riferisce ai processi di digestione chimica che avvengono nell'intestino tenue. Dopo la digestione, i prodotti di degradazione vengono assorbiti nel flusso sanguigno anche attraverso l'intestino tenue.