Il differenza fondamentale tra hnRNA e mRNA è quello hnRNA è il trascritto di mRNA prematuro non elaborato che contiene introni mentre mRNA è l'RNA elaborato che non contiene introni.
Esistono diversi tipi di RNA e hnRNA e mRNA sono due tipi di essi. L'RNA nucleare eterogeneo, noto anche come pre-mRNA, è un tipo di trascrizione primaria prodotta all'interno del nucleo. Una volta prodotto il pre-mRNA, viene elaborato post-trascrizionalmente in mRNA funzionale, che può essere tradotto in una proteina nel citoplasma. Pertanto, l'hnRNA viene sintetizzato da uno stampo di DNA ed è un RNA di nuova formazione prima dell'elaborazione. mRNA è la sequenza di RNA che trasporta le informazioni genetiche per produrre una proteina. È una forma di RNA dopo l'elaborazione. Inoltre, l'mRNA trasporta i codoni genetici dal DNA nel nucleo ai ribosomi per la sintesi proteica.
