La differenza chiave tra DNA mitocondriale e DNA cloroplastico è che il DNA mitocondriale è presente all'interno dei mitocondri delle cellule eucariotiche mentre il DNA cloroplastico è presente all'interno dei cloroplasti delle cellule vegetali.
I mitocondri e i cloroplasti sono due importanti organelli legati alla membrana nelle cellule eucariotiche. I mitocondri sono le centrali elettriche delle cellule. D'altra parte, i cloroplasti sono i siti della fotosintesi nelle piante. Si ritiene che sia i mitocondri che i cloroplasti abbiano origine da cellule procariotiche a cellule eucariotiche attraverso l'endosimbiosi. Questi due organelli contengono il proprio DNA. Sebbene questo DNA non sia il DNA nucleare di una cellula e non sia importante per il funzionamento della cellula, è importante per alcune delle loro proprietà organello cellulare.
