Il differenza fondamentale tra orbitali ibridi e degeneri è quello gli orbitali ibridi sono nuovi orbitali che si formano dalla miscelazione di due o più orbitali, mentre gli orbitali degeneri esistono originariamente in un atomo.
Come suggerisce il nome, un orbitale ibrido è un ibrido di due o più orbitali. Sebbene il nome orbitale degenere sembri lo stesso, non sono orbitali di nuova formazione: esistono già in un atomo. Inoltre, tutti gli orbitali ibridi in una molecola hanno la stessa energia mentre gli orbitali degeneri in un atomo hanno la stessa energia.
