Differenza Tra Benzonasi E DNasi

2024 Autore: Mildred Bawerman | [email protected]. Ultima modifica: 2023-12-16 08:39

Differenza chiave - Benzonase vs DNase

La degradazione degli acidi nucleici è importante per molte tecniche di biologia molecolare. È ampiamente utilizzato nella tecnologia del DNA ricombinante per eliminare frammenti indesiderati di DNA e RNA. Gli enzimi di degradazione degli acidi nucleici sono indicati come nucleasi e possono essere di diversi tipi in base alla funzione richiesta. Le nucleasi che degradano il DNA sono note come DNasi mentre quelle che degradano l'RNA sono note RNasi. Questi enzimi vengono utilizzati principalmente negli esperimenti in vitro in cui vengono eseguiti test molecolari in vitro per isolare DNA, RNA o proteine puri. Le benzonasi sono un tipo di nucleasi che degradano sia il DNA che l'RNA mentre le DNasi degradano solo il DNA. Questa è la differenza chiave tra Benzonase e DNase.

CONTENUTI

1. Panoramica e differenza chiave

2. Che cos'è la benzonasi

3. Che cos'è la DNasi

4. Somiglianze tra benzonasi e DNasi

5. Confronto fianco a fianco - Benzonasi vs DNasi in forma tabulare

6. Riepilogo

Cos'è la benzonasi?

La benzonasi è un'endonucleasi geneticamente modificata della Serratia marcescens. Questo enzima è prodotto negli ospiti di E. coli su scala industriale. La benzonasi è in grado di scindere DNA a doppio filamento, DNA lineare, DNA circolare e RNA a filamento singolo. Quindi la benzonasi è commercialmente importante. L'enzima benzonasi è un dimero proteico che ha 245 amminoacidi identici, subunità da ~ 30 kDa con due legami disolfuro essenziali. La benzonasi scinde gli acidi nucleici all'estremità 5 'e produce frammenti con estremità 5' libere. La benzonasi può scindere gli acidi nucleici in qualsiasi sequenza ma preferisce le regioni ricche di GC.

La benzonasi viene conservata a -20 ^° C. Il pH ottimale per l'attività enzimatica risulta essere 8,0-9,2. Le applicazioni della benzonasi includono la preparazione del campione per l'elettroforesi su gel di proteine 2D in cui la benzonasi rimuove gli acidi nucleici legati e la rimozione dei contaminanti dell'acido nucleico dalle preparazioni di proteine ricombinanti. Viene anche utilizzato per ridurre la viscosità degli estratti proteici e prevenire l'aggregazione delle cellule in una miscela cellulare.

Cos'è DNase?

La DNasi è un enzima nucleasi idrolitico che è in grado di scindere solo il DNA a doppia elica. Esistono due tipi principali di DNasi: DNasi I e DNasi II. La DNasi I partecipa alla scissione del DNA a doppio filamento per produrre polinucleotidi con estremità libere 5 '. La DNasi II è coinvolta nella scissione del DNA a doppio filamento per produrre filamenti di polinucleotidi con estremità libere di 3 'o sporgenze.

DNasi I

La DNasi I funziona a un pH ottimale compreso tra 7.0 e 8.0. L'attività enzimatica dipende da molti cofattori ionici che includono Ca ²⁺, Mg ²⁺ o Mn ²⁺. L'attività di Mg ²⁺ e Mn ²⁺ decide la funzione della DNasi I. In presenza di Mg ²⁺, la DNasi I scinde ogni filamento di dsDNA indipendentemente. Ciò avviene in modo casuale. Al contrario, in presenza di Mn ^2+, l'enzima scinde entrambi i filamenti di DNA all'incirca nello stesso sito. Questa scissione si tradurrà nella produzione di due tipi di frammenti di DNA; un tipo con estremità smussate e un altro tipo con una o due sporgenze nucleotidiche.

Figura 02: DNasi

DNasi II

La DNasi II funziona a un pH ottimale di 4,5-5,0 e per la sua attività sono necessari ioni metallici bivalenti, simile alla DNasi I. È noto che il meccanismo della DNasi II consiste in tre fasi principali.

1. Più rotture a singolo filamento sono indotte all'interno della spina dorsale del DNA.
2. Vengono prodotti nucleotidi solubili in acido e oligonucleotidi.
3. Lo spostamento ipercromico non lineare si verifica nell'ultima fase.

I principali inibitori dell'enzima DNasi includono chelanti di metalli, metalli di transizione e sostanze chimiche come il dodecil solfato di sodio e il β-mercaptoetanolo.

Le principali applicazioni della DNasi includono la preparazione di estratti di RNA privi di DNA ed estratti di proteine e la rimozione del DNA stampo durante esperimenti di trascrizione in vitro.

Quali sono le somiglianze tra benzonasi e DNasi?

• Entrambi sono enzimi idrolitici.
• Entrambi sono nucleasi.
• Entrambi partecipano scindendo i legami fosfodiestere degli acidi nucleici.
• Entrambi richiedono un pH e temperature di conservazione ottimali per mantenere l'attività dell'enzima.
• Gli inibitori degli enzimi includono agenti chelanti, metalli di transizione e detergenti chimici.
• Le applicazioni sono principalmente focalizzate sull'ottenimento di estratti di elevata purezza di DNA, RNA e proteine.
• Entrambi gli enzimi possono essere prodotti tramite ingegneria genetica.

Qual è la differenza tra benzonasi e DNasi?

Articolo diff. Al centro prima della tabella

Benzonasi vs DNasi
La benzonasi è un enzima in grado di scindere DNA a doppia elica, DNA lineare, DNA circolare e RNA.	La DNasi è un enzima in grado di scindere il DNA a doppia elica.
Substrato per l'enzima
Sia il DNA che l'RNA sono substrati per la benzonasi.	Il DNA è il substrato per DNasi.
Struttura
L'intervallo di pH ottimale della benzonasi è 7,0 -8,0	Gli intervalli di pH ottimali della DNasi I sono 7,0 - 8,0 e la DNasi II è 4,5 - 5,0.

Riepilogo: Benzonase vs DNase

Gli enzimi nucleasi sono ampiamente utilizzati in diverse procedure sperimentali per quanto riguarda la biologia molecolare e l'ingegneria genetica. Benzonasi e DNasi sono due tipi di nucleasi. La benzonasi è coinvolta nella degradazione sia del DNA che dell'RNA mentre la DNasi è coinvolta nella scissione del DNA a doppio filamento. Questa è la differenza fondamentale tra benzonasi e DNasi. Al momento, entrambi questi tipi di nucleasi sono prodotti attraverso la tecnologia del DNA ricombinante che produce enzimi di qualità superiore ottimizzati per la massima produzione.

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