La differenza fondamentale tra fermentazione e respirazione è che la fermentazione avviene in assenza di ossigeno mentre la respirazione ha bisogno di ossigeno.
Gli organismi richiedono energia per svolgere attività cellulari. Quindi, generano molecole di energia sotto forma di ATP. Usano substrati differenti e si scompongono in forme differenti, e l'energia di rilascio si converte in molecole energetiche che possono essere utilizzate dalle cellule. Il glucosio è il substrato primario di molti organismi. La fermentazione e la respirazione sono due processi cellulari che generano energia abbattendo il glucosio attraverso diversi passaggi. Tuttavia, la respirazione è più efficiente e produce più molecole di ATP rispetto alla fermentazione.