Il differenza fondamentale tra maltosio e isomaltosio è quello il maltosio ha due unità di glucosio unite l'una all'altra tramite un legame alfa 1-4 mentre l'isomaltosio ha due unità di glucosio unite l'una all'altra tramite un legame alfa 1-6.
Il maltosio è un disaccaride. Significa che ha due unità di zucchero unite tra loro. Nel caso del maltosio e dell'isomaltosio, l'unità di zucchero è una molecola di glucosio. Pertanto, queste due forme di disaccaridi differiscono l'una dall'altra in base al legame chimico tra le due unità di glucosio. Tuttavia, entrambe queste forme di zucchero riducono gli zuccheri.