La differenza chiave tra nefridi e tubuli malpighiani dipende dalla loro presenza negli organismi. I nefridi sono presenti negli organismi inferiori come vermi e molluschi mentre i tubuli malpighiani sono presenti nelle regioni posteriori degli insetti e degli artropodi terrestri.
L'escrezione è un aspetto importante degli organismi viventi. Le vie metaboliche generano vari prodotti escretori come sottoprodotti. Tuttavia, l'accumulo di rifiuti all'interno di un corpo vivente è tossico e dannoso. Pertanto, la presenza di un meccanismo per rimuovere i rifiuti metabolici dal corpo attraverso un sistema di escrezione è un must. Quindi, diversi tipi di organi escretori sono presenti in diversi gruppi di organismi. Nefridi e tubuli malpighiani sono due esempi di tali organi escretori.