Il differenza fondamentale tra endosimbiosi e simbiosi è quello l'endosimbiosi è una teoria che descrive come mitocondri e cloroplasti sono entrati nelle cellule eucariotiche mentre la simbiosi è un'interazione a lungo termine esistente tra due diverse specie viventi.
Gli organismi in un ecosistema interagiscono tra loro in modi diversi. La simbiosi è un'interazione che esiste tra due specie diverse che vivono insieme. Alcune interazioni avvantaggiano entrambe le parti, mentre alcune rimangono neutre. Tuttavia, alcune altre interazioni sono dannose per una parte, in particolare per l'organismo ospitante, mentre l'altra parte riceve vantaggi a spese dell'ospite. Possiamo vedere tutti questi tipi di interazioni in un ecosistema. Tuttavia, questi tipi di interazioni sono vitali per la stabilità di un ecosistema. L'endosimbiosi, d'altra parte, è una teoria che spiega l'origine della cellula eucariotica da una cellula procariotica.
