La differenza fondamentale tra l'elettroforesi su gel 1D e 2D sono le proprietà utilizzate per la separazione delle proteine sull'elettroforesi su gel. L'elettroforesi su gel 1D separa solo le proteine in base al peso molecolare, mentre l'elettroforesi su gel 2D separa le proteine in base al suo punto isoelettrico e al peso molecolare.
La separazione delle proteine mediante elettroforesi su gel è una tecnica importante per caratterizzare le proteine. Le proteine hanno proprietà variabili; pertanto, la separazione è più complessa rispetto alla separazione del DNA mediante elettroforesi su gel di agarosio.
