Il differenza fondamentale tra la filtrazione su gel e la cromatografia a permeazione su gel è quello la fase mobile della cromatografia per filtrazione su gel è una soluzione acquosa mentre la fase mobile della cromatografia a permeazione su gel è un solvente organico.
Sia la filtrazione su gel che la cromatografia a permeazione di gel rientrano nella categoria della cromatografia ad esclusione dimensionale in cui possiamo separare le molecole in una soluzione a seconda della loro dimensione. Cioè, a volte, possiamo separare le molecole in base ai loro pesi molecolari. Di solito, utilizziamo queste tecniche per separare molecole complesse come le proteine e, su scala industriale, per separare i materiali polimerici. La principale differenza tra filtrazione su gel e cromatografia a permeazione su gel è nella fase mobile che utilizziamo in ciascuna tecnica.
