La differenza fondamentale tra distanza genetica e distanza fisica è il tipo di sequenza utilizzato nell'analisi della distanza tra due popolazioni della stessa specie. La distanza genetica misura la divergenza genetica tra specie o tra popolazioni all'interno di una specie mentre la distanza fisica misura il numero di nucleotidi tra i due marcatori.
La distanza genetica e la distanza fisica forniscono una panoramica delle relazioni evolutive tra due popolazioni di una specie. Pertanto, le mappe della distanza forniscono il collegamento delle popolazioni sulla base di dati genetici. Il sequenziamento del genoma e l'analisi bioinformatica svolgono un ruolo importante nel determinare le distanze sia genetiche che fisiche.
