La differenza chiave tra linkage genetico e linkage disequilibrium è che il linkage genetico è la tendenza di due o più geni dello stesso cromosoma a rimanere insieme nel processo di ereditarietà mentre il linkage disequilibrium è l'associazione non casuale di alleli in loci diversi in una popolazione.
Il linkage genetico e il linkage disequilibrium sono due concetti della genetica che seguono l'eredità non mendeliana. Il collegamento genetico si riferisce allo stato fisico di essere collegati in un cromosoma. In parole semplici, è il processo in cui i geni sono strettamente localizzati in un cromosoma in modo che siano sempre ereditati insieme nei gameti. D'altra parte, nella genetica delle popolazioni, il linkage disequilibrium si riferisce all'associazione non casuale di alleli in diversi loci in una popolazione. È la misura della differenza tra la frequenza osservata di una particolare combinazione di alleli in due loci e la frequenza attesa per l'associazione casuale.
