La differenza fondamentale tra congenere e isomero è che il congenere si riferisce a composti chimici con strutture simili e proprietà simili. Nel frattempo, l'isomero si riferisce a molecole con la stessa formula chimica ma strutture diverse.
I termini congenere e isomero si riferiscono a gruppi di composti raggruppati in base alle loro somiglianze. Il termine congenere può avere definizioni diverse, ma in chimica usiamo principalmente la definizione secondo cui i congeneri sono composti chimici con strutture simili e proprietà simili. Gli isomeri, d'altra parte, sono composti aventi strutture differenti ma composizione atomica simile; quindi, hanno anche proprietà diverse.
