Il differenza fondamentale tra tiocianato e isotiocianato è quello il tiocianato è un gruppo funzionale in cui il gruppo alchile o arile è attaccato attraverso l'atomo di zolfo mentre l'isotiocianato è l'isomero di collegamento del tiocianato in cui il gruppo alchile o arile è attaccato attraverso l'atomo di azoto.
Il tiocianato e l'isotiocianato sono gruppi funzionali contenenti atomi di carbonio, azoto e zolfo. Questi gruppi funzionali hanno la stessa connettività degli atomi. Cioè, l'atomo di carbonio si trova nel mezzo, mentre gli atomi di azoto e zolfo sono attaccati ai suoi lati. Tuttavia, il legame chimico tra questi atomi è diverso l'uno dall'altro.
