La differenza fondamentale tra Azotobacter e Azospirillum è che Azotobacter è un genere di batteri che sono principalmente diazotrofi aerobici ed endofitici. Nel frattempo, Azospirillum è un genere di batteri che promuovono la crescita delle piante che sono batteri microaerofili e che colonizzano la superficie.
Azotobacter e Azospirillum sono due generi batterici importanti come fissatori di azoto nel terreno. Sono principalmente batteri del suolo che sono gram-negativi. Inoltre, sono batteri a vita libera che associano le radici delle piante. Migliorano la crescita e lo sviluppo delle piante dopo l'inoculazione. Gli Azotobacter spp sono batteri eterotrofi e aerobi, ovali o sferici mentre gli Azospirillum spp sono batteri microaerofili e non fermentativi a forma di bastoncello.