Il differenza fondamentale tra epistasi e pleiotropia è quello l'epistasi è il fenomeno in cui un gene in un locus altera l'espressione fenotipica di un gene in un altro locus mentre la pleiotropia spiega il fenomeno in cui un singolo gene influenza più tratti fenotipici.
L'epistasi e la pleiotropia sono due fenomeni genetici. L'epistasi si verifica quando più di un gene determina un singolo fenotipo. Pertanto, nell'epistasi, un gene influenza l'espressione di un altro gene situato in un locus diverso. Al contrario, la pleiotropia si verifica quando un gene determina più fenotipi. Quindi, un gene contribuisce a più caratteristiche. Sia l'epistasi che la pleiotropia sono variazioni dell'eredità mendeliana.
