La differenza fondamentale tra motori molecolari lineari e rotativi è principalmente sulla base del movimento dei complessi che formano la proteina motoria. Mentre i motori molecolari lineari mostrano un movimento lineare unidirezionale tra i complessi, i motori molecolari rotanti mostrano movimenti rotatori attorno a diversi complessi che formano il motore molecolare.
I motori molecolari sono biomolecole importanti che prendono parte a molte reazioni, soprattutto associate alla generazione di energia in termini di adenosina trifosfato (ATP). Svolgono un ruolo fondamentale nel movimento o nel lavoro meccanico. Le proteine motorie utilizzano l'energia libera dall'idrolisi dell'ATP o del trifosfato nucleotidico per produrre una forza meccanica. Esistono due tipi di motori molecolari come motori molecolari lineari e motori molecolari rotanti. Rappresentano due modalità di funzionamento del motore.