La differenza fondamentale tra genocopia e fenocopia è che nelle genocopie, i fenotipi mostrano somiglianza e il genotipo cambia, mentre nella fenocopia, i fenotipi variano e il genotipo rimane invariato.
La disparità tra genocopia e fenocopia è coinvolta nella spiegazione delle rare occorrenze della genetica. I due concetti dimostrano come la genetica tradizionale o la genetica mendeliana possa variare in base alle eccezioni in natura. La genocopia si riferisce al fenomeno di dare un fenotipo simile nonostante abbia un genotipo diverso. Al contrario, la fenocopia si riferisce al fenomeno di avere fenotipi variabili nonostante il genotipo rimanga invariato.