La differenza fondamentale tra istopatologia e citologia è quella l'istopatologia è lo studio dei tessuti malati utilizzando un microscopio mentre la citologia è lo studio delle singole cellule del corpo.
Le cellule sono le unità strutturali di base della vita. Durante la diagnosi di malattie in medicina, le cellule e interi tessuti vengono esaminati dai patologi. Lo studio dei tessuti in relazione alla malattia è noto come istopatologia. Al contrario, lo studio di un singolo tipo di cellula è noto come citologia. Pertanto, l'istopatologia esamina i tessuti mentre la citologia esamina le singole cellule.