La differenza fondamentale tra mutazione silente e neutra è quella mutazione silente è un tipo specifico di mutazione neutra che non ha un effetto osservabile sul fenotipo dell'organismo mentre la mutazione neutra è un cambiamento nella sequenza del DNA che non è né benefico né dannoso per la capacità di un organismo per sopravvivere e riprodursi.
Una mutazione è un cambiamento che si verifica nella sequenza nucleotidica del DNA. La mutazione può avvenire a causa di fattori ambientali come il fumo di sigaretta e la luce UV oa causa di attacchi virali, sostanze chimiche forti, ecc. Le mutazioni nelle cellule germinali passano nelle generazioni successive mentre le mutazioni nelle cellule non germinali (mutazioni somatiche) non passano nelle generazioni successive e influenzeranno la sopravvivenza di un singolo organismo. Le mutazioni silenziose non provocano cambiamenti nella sequenza amminoacidica della proteina codificata. Le mutazioni neutre non provocano un effetto osservabile sul fenotipo dell'organismo.
