La differenza fondamentale tra endospore batteriche e spore fungine è l'organizzazione cellulare dei due tipi di spore. Le endospore batteriche sono strutture dormienti presenti nei batteri procarioti. Le spore fungine sono strutture riproduttive presenti nei funghi eucariotici.
Le endospore batteriche sono presenti all'interno delle cellule batteriche e sono strutture dormienti che possono sopravvivere alle dure condizioni ambientali. Di conseguenza, queste endospore germinano quando vengono soddisfatte le condizioni ambientali adatte. Al contrario, le spore fungine sono esospore che rilasciano all'esterno per la sporulazione.
