La differenza fondamentale tra la SM e la malattia di Lyme è quella la malattia di Lyme è una malattia infettiva mentre la SM non è una malattia infiammatoria senza origine infettiva. Cioè, la sclerosi multipla è una malattia infiammatoria autoimmune cronica mediata da cellule T che colpisce il sistema nervoso centrale. La malattia di Lyme, invece, è causata da una spirocheta chiamata Borrelia burgdoferi che entra nel corpo umano attraverso i morsi di pidocchi o zecche.
Sia la sclerosi multipla che la malattia di Lyme sono malattie che possono influenzare il nostro sistema neurologico.