La differenza chiave tra endopeptidasi ed esopeptidasi è che l'endopeptidasi rompe i legami peptidici all'interno delle molecole proteiche mentre l'esopeptidasi scinde i legami peptidici ai terminali delle molecole proteiche.
Le proteine sono importanti macromolecole, essenziali per la maggior parte delle reazioni biochimiche che si verificano in tutti gli organismi. Diversi amminoacidi si uniscono e formano queste proteine. Inoltre, gli enzimi catalizzano l'idrolisi delle proteine in amminoacidi. Sono enzimi specifici chiamati proteasi o peptidasi. Pertanto, hanno la capacità di scomporre le catene peptidiche di proteine in amminoacidi. Inoltre, le peptidasi possono essere endopeptidasi o esopeptidasi.