La differenza fondamentale tra agglutinogeni e agglutinine è che gli agglutinogeni sono qualsiasi tipo di antigeni o corpi estranei che attivano la produzione di anticorpi agglutinici mentre le agglutinine sono anticorpi generati dal nostro sistema immunitario contro gli antigeni.
L'agglutinazione è il processo di formazione di aggregazioni dovute alla combinazione di anticorpi con antigeni. Comprende due passaggi; legame iniziale o sensibilizzazione e formazione di reticoli. È una sorta di risposta immunitaria per rimuovere microbi e sostanze patogene dal nostro corpo. L'agglutinazione viene utilizzata per rilevare gruppi sanguigni e altre entità patologiche.