La differenza chiave tra la barriera ematoencefalica e la barriera ematoencefalica è quella la barriera ematoencefalica è la barriera che separa il tessuto sanguigno e il tessuto cerebrale mentre la barriera emato-liquido cerebrospinale è una barriera funzionale che separa il tessuto sanguigno e il liquido cerebrospinale.
La barriera ematoencefalica e la barriera del liquido cerebrospinale sono due barriere protettive nel cervello. Inoltre, sono importanti per il trasporto delle molecole attraverso il cervello e i tessuti del sangue periferico. Inoltre, entrambe le barriere hanno giunzioni strette che facilitano il trasferimento di composti non tossici al cervello.