La differenza fondamentale tra antigeni endogeni ed esogeni è che l'antigene endogeno viene generato all'interno delle cellule mentre l'antigene esogeno entra nel corpo dall'esterno.
L'antigene è una molecola o una sostanza che reagisce a un prodotto di una specifica risposta immunitaria e stimola la generazione di anticorpi. L'antigenicità di quella particolare molecola è la capacità di un antigene di indurre la produzione di anticorpi. Inoltre, gli antigeni possono essere una proteina o un polisaccaride. Inoltre, le cellule presentanti l'antigene (APC), come le cellule dendritiche, mediano i processi di assorbimento dell'antigene, l'elaborazione dell'antigene e la presentazione dell'antigene. Inoltre, a seconda dell'attività immunitaria, gli antigeni possono essere classificati come immunogeni, tollerogeni o allergeni. Inoltre, possiamo anche classificare gli antigeni in base alla loro origine come esogeni o endogeni.