Il differenza fondamentale tra gli acidi grassi cis e trans è quello gli acidi grassi cis hanno due atomi di idrogeno attaccati al doppio legame nello stesso lato della catena di carbonio mentre gli acidi grassi trans hanno i due atomi di idrogeno legati al doppio legame al contrario lati della catena di carbonio.
Gli acidi grassi sono acidi carbossilici contenenti lunghe catene di carbonio alifatico che sono saturi o insaturi. Ciò significa che la catena alifatica può contenere o meno doppi legami tra gli atomi di carbonio. Cis e acidi grassi trans sono due forme di acidi grassi insaturi.