Il differenza fondamentale tra eterocromatina ed eucromatina è quello l'eterocromatina è la forma altamente compatta di cromatina che è generalmente inattiva mentre l'eucromatina è la forma vagamente compatta di cromatina che è generalmente attiva.
La cromatina è la struttura che contiene il filamento di DNA di un cromosoma. L'eterocromatina e l'eucromatina sono i due principali tipi di cromatina presenti nelle cellule. C'è una differenza tra eterocromatina ed eucromatina in termini di struttura e funzione. Inoltre, differiscono anche dalle proprietà di trascrizione e replicazione.