La differenza fondamentale tra gene e allele è che il gene è una sequenza nucleotidica specifica che codifica per una proteina specifica mentre l'allele è una variante di un gene dominante o recessivo.
Un gene è l'unità di base dell'ereditarietà. Nello specifico, ha una precisa sequenza nucleotidica che codifica per una specifica molecola proteica, che conferisce un tratto particolare. I geni passano dai genitori alla prole. Quindi, le informazioni genetiche che richiedono per il funzionamento generale dell'organismo vengono immagazzinate sotto forma di geni. Inoltre, un cromosoma ha molti geni. Pertanto, un particolare gene ha una posizione specifica nel cromosoma, ciò che chiamiamo locus. Di solito, un gene ha due forme alternative chiamate alleli. In parole semplici, gli alleli sono le varianti dei geni o la variante dominante o la variante recessiva. Si trovano allo stesso livello dei cromatidi fratelli del cromosoma.