Il differenza fondamentale tra fucoidan e fucoxantina è quello fucoidan è un polisaccaride solfato contenente fucosio presente in diverse specie di alghe brune e alghe brune mentre la fucoxantina è una xantofilla presente come pigmento accessorio nei cloroplasti di alghe brune e altri eteroconti.
Gli ecosistemi marini costituiscono sia flora che fauna. Hanno un'elevata diversità di specie. Inoltre, queste specie contengono diversi composti benefici per l'uomo. Le biomolecole estratte da queste specie negli ecosistemi marini contengono diversi potenziali terapeutici. Fucoidan e fucoxanthin sono due di questi composti presenti negli ecosistemi marini, principalmente nelle alghe brune. Sebbene differiscano chimicamente, entrambi i composti sono attualmente utilizzati per diversi scopi di ricerca per identificare il loro potenziale come terapeutico.
