Il differenza fondamentale tra trasformazione e trasduzione è quello la trasformazione è un meccanismo che altera il materiale genetico dei batteri mediante l'assorbimento diretto di materiale genetico esogeno dai suoi dintorni attraverso la membrana cellulare e l'incorporazione di esso nel genoma mentre la trasduzione è l'iniezione di DNA estraneo da parte di un virus batteriofago nel batterio ospite.
La coniugazione è un metodo ben noto di ricombinazione del DNA, che può essere trovato sia negli eucarioti che nei procarioti. Gli scienziati hanno scoperto che è possibile trasferire il DNA da una cellula batterica a un'altra mediante altri due meccanismi: trasformazione e trasduzione. Simile alla coniugazione, questi due meccanismi trasferiscono il DNA in una direzione e la ricombinazione avviene tra alleli in regioni di DNA omologhe. Entrambi i meccanismi trasferiscono pochissime quantità di DNA e non trasferiscono l'intero cromosoma cellulare.
