La differenza fondamentale tra l'elicasi e la topoisomerasi è quella l'elicasi è un enzima che separa due filamenti complementari di DNA rompendo i legami idrogeno tra le basi di due filamenti mentre la topoisomerasi è un enzima che rimuove i supercoil positivi e negativi formati durante il processo di svolgimento del DNA tagliandolo e risigillare uno o entrambi i filamenti del duplex di DNA.
Il DNA è una doppia elica. Esiste in due filamenti complementari legati insieme tramite legami idrogeno. La replicazione del DNA, la trascrizione e la riparazione del DNA richiedono che due filamenti siano separati l'uno dall'altro per creare nuove copie, produrre mRNA e aggiungere nucleotidi per la riparazione. A questo punto entrano in gioco i due enzimi elicasi e topoisomerasi. Pertanto, sia l'elicasi che la topoisomerasi sono essenziali nello svolgimento del DNA. Helicase separa il DNA a doppio filamento in filamenti singoli rompendo i legami idrogeno tra le coppie di basi nucleotidiche nel DNA a doppio filamento. Al contrario, la topoisomerasi svela la torsione del DNA e allevia la natura del supercoil del DNA tagliando la spina dorsale del fosfato di DNA in uno o entrambi i filamenti.
