La differenza fondamentale tra l'inattivazione di X e l'imprinting genomico è che l'inattivazione di X è il processo mediante il quale una copia del cromosoma X viene inattivata in alcune femmine, mentre l'imprinting genomico è un processo che dipende dal genitore di origine ed è il processo in cui le copie di i geni sono espressi in modo differenziale.
L'inattivazione dell'X e l'imprinting genomico sono due processi che possono portare all'espressione monoallelica. In parole semplici, entrambi i fenomeni provocano lo spegnimento di una copia di un gene. L'imprinting genomico avviene in geni specifici, mentre l'inattivazione di X provoca l'inattivazione di geni nell'intero cromosoma X. Tuttavia, entrambi i processi determinano una diminuzione dell'espressione genica.
