La differenza fondamentale tra allele e genotipo è che l'allele è una delle forme varianti di un gene situato nello stesso locus genetico di un cromosoma mentre il genotipo è la costituzione genetica di un particolare tratto.
La genetica è lo studio dei geni e dei modelli ereditari negli organismi. I cromosomi sono le strutture che contengono le informazioni genetiche di un organismo. Pertanto, negli eucarioti, c'è un numero specifico di cromosomi presenti nel genoma. Ogni cromosoma ha migliaia di geni che sono regioni specifiche dei cromosomi. In effetti, i geni sono unità strutturali della genetica che immagazzinano informazioni genetiche per produrre proteine. Ogni gene ha due copie discendenti da ogni genitore.
Allo stesso modo, un allele è una variante di un gene o una forma di un gene. Inoltre, ogni gene ha due forme di alleli che determinano la caratteristica codificata dal gene. Quindi, il genotipo è la composizione genetica di un organismo che è determinata dalla distribuzione di alleli in geni diversi.