La differenza fondamentale tra opsonizzazione e neutralizzazione si basa sul modo in cui eseguono la risposta immunologica. Nell'opsonizzazione, i patogeni vengono contrassegnati prima di essere distrutti mentre nella neutralizzazione, l'effetto dell'agente patogeno viene neutralizzato.
Le risposte immunologiche possono essere innate o adattive. Gli agenti patogeni possiedono recettori di riconoscimento dei patogeni, che facilitano l'identificazione da parte dell'ospite. Nell'opsonizzazione, l'host produce opsonine. Tuttavia, nella neutralizzazione, l'ospite produce anticorpi neutralizzanti per neutralizzare l'effetto della reazione anticorpo-antigene.
