Il differenza fondamentale tra protomeri e capsomeri è quello i protomeri sono unità strutturali di proteine oligomeriche mentre i capsomeri sono singole proteine composte da protomeri, che sono subunità strutturali del capside virale.
Un virus è un parassita intracellulare obbligato, che è una particella infettiva. Il capside è uno dei due componenti principali di una particella virale. È un rivestimento proteico che circonda e protegge il genoma virale. Un capside comprende protomeri, che sono le unità strutturali delle proteine oligomeriche. Il capsomero è una subunità strutturale del capside virale ed è un'aggregazione di diversi protomeri come unità. Pertanto, i protomeri si autoassemblano per formare un capsomero ei capsomeri si autoassemblano per formare un capside.
