Il differenza fondamentale tra viroide e virusoide è quello il viroide è un piccolo agente infettivo composto solo da un RNA a filamento singolo mentre il virusoide è un tipo di RNA circolare a filamento singolo infettivo che richiede un virus helper per infettare la cellula.
Viroide e virusoide sono due tipi di particelle infettive composte da RNA a filamento singolo. Sono diversi dai virus poiché non possiedono un rivestimento proteico. Tuttavia, analogamente ai virus, non sono in grado di replicarsi da soli. Pertanto, hanno bisogno di una cellula ospite per riprodursi. Inoltre, viroidi e virusoidi sono i più piccoli repliconi subvirali.