La differenza fondamentale tra allozimi e isoenzimi è che gli allozimi sono codificati da diversi alleli nello stesso locus. Ma, al contrario, gli isoenzimi sono codificati da geni in loci diversi.
Gli enzimi sono biocatalizzatori che accelerano le reazioni biochimiche. In realtà, sono molecole proteiche codificate da geni. Esistono diversi tipi di enzimi. Alcuni enzimi sono codificati da diversi alleli dello stesso gene presente nello stesso locus. Sono conosciuti come allozimi. Al contrario, alcuni enzimi sono codificati da geni differenti situati in loci differenti. Questi enzimi sono noti come isoenzimi. Gli isoenzimi e gli allozimi possono essere utilizzati per determinare la relazione tra due organismi.