Il differenza fondamentale tra il primo e il secondo sistema di messaggistica è quello il primo sistema di messaggistica si riferisce alle molecole di segnalazione extracellulare mentre il secondo sistema di messaggistica si riferisce alle molecole di segnalazione intracellulare.
Il primo e il secondo sistema di messaggistica comprendono vari tipi di molecole di segnalazione. I primi messaggeri sono molecole extracellulari, spesso ormoni o neurotrasmettitori. Al contrario, i secondi messaggeri sono molecole intracellulari che trasmettono segnali dai recettori della membrana cellulare ai bersagli all'interno della cellula. Il processo di segnalazione cellulare inizia quando la molecola di segnalazione (ligando) si lega al recettore di una cellula. Questo legame cambia il dominio intracellulare del recettore, che innesca le vie di segnalazione intracellulare.
