La differenza fondamentale tra i vaccini polisaccaridici e coniugati è che i vaccini polisaccaridici contengono solo polisaccaridi liberi come antigeni mentre i vaccini coniugati contengono polisaccaridi combinati con una molecola proteica.
I vaccini polisaccaridici e coniugati sono due tipi di vaccini. I vaccini polisaccaridici contengono solo la capsula polisaccaridica come antigene per stimolare una risposta immunitaria. Pertanto, provocano una risposta immunitaria trascurabile rispetto ai vaccini coniugati. I vaccini coniugati contengono polisaccaridi coniugati a una proteina immunogenica. Quindi, provocano una risposta immunitaria più forte. Inoltre, i vaccini coniugati stabiliscono la memoria delle cellule B e l'immunizzazione a lungo termine. Allo stato attuale, i vaccini coniugati hanno ampiamente sostituito i vaccini polisaccaridici.