Il differenza fondamentale tra l'isolamento geografico e riproduttivo è quello l'isolamento geografico è una categoria di isolamento riproduttivo che si riferisce alla separazione delle popolazioni di organismi dall'accoppiamento o dallo scambio del loro materiale genetico da confini fisici mentre l'isolamento riproduttivo si riferisce a una serie di meccanismi che prevengono le specie dall'accoppiamento e dalla produzione di prole fertile.
La fecondazione è l'unione di uno sperma e un uovo per formare uno zigote diploide durante la riproduzione sessuale. Se lo zigote prodotto è maturo, alla fine crescerà in una prole fertile e sana. pertanto, l'isolamento riproduttivo è un processo che impedisce la formazione di una prole fertile. Questa prevenzione può verificarsi durante il processo di fertilizzazione o dopo la fecondazione. Comunque, alla fine, crea una barriera per produrre una prole fertile che può dare alla luce un'altra prole fertile. Tra i diversi meccanismi, l'isolamento geografico è un fattore di isolamento riproduttivo.