Il differenza fondamentale tra contig e scaffold è che un contig non ha spazi vuoti mentre uno scaffold è costituito da contig e spazi vuoti.
Il sequenziamento del genoma di organismi multicellulari è molto difficile rispetto al sequenziamento di organismi unicellulari. Il sequenziamento shotgun dell'intero genoma è una tecnica di sequenziamento del genoma facile e veloce per genomi multicellulari. È un metodo che sequenzia in parallelo molti frammenti di DNA sovrapposti. In questo metodo, piccoli frammenti vengono assemblati in frammenti più grandi e quindi in contigui più grandi utilizzando un computer. Quindi i contig vengono assemblati in scaffold e infine in un cromosoma. Pertanto, il contig è un tratto continuo di sequenze nucleotidiche mentre lo scaffold è una porzione del genoma costituito da contig e lacune. Sia il contig che lo scaffold sono sequenze genomiche ricostruite.
