La differenza fondamentale tra i vettori di inserimento e sostituzione è che il vettore di inserimento ha la capacità di inserire lunghezze moderate di DNA estraneo mentre il vettore di sostituzione ha la capacità di accogliere lunghezze maggiori di DNA estraneo.
I vettori dei fagi sono i batteriofagi usati per la clonazione. Esistono due tipi di vettori fagici; sono vettore di inserimento e vettore di sostituzione. Inoltre, tutti i vettori dei fagi sono costituiti da geni non essenziali. Tuttavia, questi geni devono essere rimossi dai fagi per facilitare nuovi inserti di DNA estraneo.
