La differenza fondamentale tra filesystem e database è che il filesystem gestisce solo l'accesso fisico mentre il database gestisce sia l'accesso fisico che logico ai dati.
Database e File System sono due metodi che aiutano a memorizzare, recuperare, gestire e manipolare i dati. Entrambi i sistemi consentono all'utente di lavorare con i dati in modo simile. Un file system è una raccolta di file di dati grezzi archiviati nel disco rigido, mentre un database è concepito per organizzare, archiviare e recuperare facilmente grandi quantità di dati. In altre parole, un database contiene un insieme di dati organizzati tipicamente in forma digitale per uno o più utenti. L'abbreviazione dal database è DB. È possibile classificare i DB in base al loro contenuto, come documento-testo, bibliografico e statistico. È importante notare che, anche in un database, i dati vengono eventualmente o fisicamente memorizzati in alcuni file.