La differenza chiave tra HPLC e GC è che HPLC utilizza una fase stazionaria solida e una fase mobile liquida mentre GC utilizza una fase stazionaria liquida e una fase mobile gassosa.
HPLC e GC sono entrambi metodi di separazione dei composti da una miscela. Mentre HPLC si riferisce alla cromatografia liquida ad alta pressione, GC è semplicemente gascromatografia. Pertanto, l'HPLC si applica ai componenti che sono fluidi, ma GC è utile quando i composti sono gassosi o i composti che subiscono la vaporizzazione durante il processo di separazione. Tuttavia, entrambi hanno lo stesso principio di base delle molecole pesanti che fluiscono più lentamente di quelle più leggere.