Il differenza fondamentale tra FISH e CGH è che FISH è una tecnica molecolare che rileva una sequenza di DNA specifica su un cromosoma utilizzando sonde marcate in modo fluorescente, mentre CGH è un'altra tecnica citogenetica molecolare che rileva le alterazioni nel DNA genomico.
L'analisi citogenetica gioca un ruolo importante in medicina quando rileva anomalie cromosomiche come aneuploidie, delezioni, duplicazioni e riarrangiamenti, ecc. Anomalie cromosomiche alla fine portano a malattie genetiche come cancro, infertilità, sindrome di Down, sindrome di Klinefelter, sindrome di Turner, leucemia, ecc. Esistono vari metodi citogenetici molecolari per rilevare i difetti e le malattie sopra menzionati. Tra questi, FISH (ibridazione in situ fluorescente) e CGH (ibridazione genomica comparativa) sono due potenti tecniche di ibridazione. Tuttavia, entrambi i metodi hanno vantaggi e svantaggi.
