La differenza fondamentale tra la teoria degli orbitali molecolari e la teoria dell'ibridazione è quella la teoria degli orbitali molecolari descrive la formazione di orbitali di legame e anti-legame, mentre la teoria dell'ibridazione descrive la formazione di orbitali ibridi.
Esistono diverse teorie sviluppate per determinare le strutture elettroniche e orbitali delle molecole. La teoria VSEPR, la teoria di Lewis, la teoria del legame di valenza, la teoria dell'ibridazione e la teoria dell'orbitale molecolare sono teorie così importanti. La teoria più accettabile tra loro è la teoria degli orbitali molecolari.