La differenza fondamentale tra Allogamy e Autogamy è che Allogamy è la fusione di gameti maschili e femminili che provengono da due individui diversi mentre Autogamy è la fusione di gameti maschili e femminili dello stesso individuo. Un'altra differenza tra allogamia e autogamia rispetto alla prole prodotta è che l'allogamia produce una prole geneticamente diversa mentre l'autogamia produce una prole geneticamente identica.
La fusione di un gamete maschile con un gamete femminile è la fecondazione. Uno zigote si sviluppa a seguito della fecondazione e quindi subisce la divisione cellulare per produrre una nuova prole. Inoltre, la fertilizzazione può essere di due tipi; autofecondazione o fecondazione incrociata. Allogamy è sinonimo di fertilizzazione incrociata e Autogamy è sinonimo di autofecondazione.
